Caboclo - Repositório Institucional UFRB CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas PPG-RGV - Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais CCAAB - PPG-RGV - Dissertações
Please use this identifier to cite or link to this item: http://ri.ufrb.edu.br/jspui/handle/prefix/1047
metadata.dc.type: Dissertação
metadata.dc.degree.level: Mestrado Acadêmico
Title: Identificação, caracterização e validação de marcadores minissatélites para o mamoeiro
Other Titles: Identification, characterization and validation of minisatellite markers for papaya
metadata.dc.creator: Oliveira, Gilmara Alvarenga Fachardo
metadata.dc.contributor.advisor1: Dantas, Jorge Luiz Loyola
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Oliveira, Eder Jorge de
metadata.dc.contributor.referee1: Melo, Cláusio Antonio Ferreira de
metadata.dc.contributor.referee2: Machado, Edna Lobo
Citation: OLIVEIRA, Gilmara Alvarenga Fachardo. Identificação, caracterização e validação de marcadores minissatélites para o mamoeiro. 2015. 98 f. Dissertação (Mestrado Acadêmico em Recursos Genéticos Vegetais) - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Cruz das Almas, 2015.
metadata.dc.description.resumo: A identificação de polimorfismos em espécies com baixa variabilidade molecular como o mamoeiro (Carica papaya L.) é um desafio para a pesquisa. Assim, o objetivo desse estudo foi identificar, caracterizar e validar o polimorfismo de marcadores minissatélites visando o manejo, conservação e uso dos recursos genéticos do mamoeiro. O genoma depositado no banco de dados foi utilizado para identificação de locos minissatélites com motivos de 6 a 500 pares de bases (pb). Foram identificados 1.730 minissatélites com no mínimo seis repetições (média de 1 a cada 156Kb), cujo conteúdo médio de GC foi de 28,84% e média de 9,27 repetições por loco. Motivos com até 20 bases foram os mais frequentes (71,5%). O polimorfismo de 82 minissatélites foi avaliado em 24 acessos de mamoeiro e comparado com marcadores microssatélites, cujos resultados demostraram a presença de 3,10 e 3,57 alelos por loco, respectivamente. Maior heterozigosidade esperada (He=0,52), observada (Ho=0,16), conteúdo de informação polimórfica (PIC=0,47) e diversidade de Shannon-Wiener (H’=1,10) foi verificada nos microssatélites em comparação com os minissatélites (He=0,42, Ho=0,11, PIC=0,38 e H’=0,85, respectivamente), possivelmente em função do hermafroditismo da maioria dos acessos avaliados. Contudo, a probabilidade de exclusão de paternidade e de identidade foi elevada para ambos os marcadores. Com relação à estrutura populacional, ambos marcadores indicaram a organização do germoplasma em dois grupos (K=2), embora os minissatélites tenham apontado a presença de uma subestrutura (K=4). Este é um dos primeiros trabalhos relacionado ao desenvolvimento de minissatélites para o mamoeiro, cujo menor polimorfismo em comparação com os microssatélites pode ser compensado pelo melhor poder de discriminação dos alelos e maior acurácia na identificação genotípica dos indivíduos.
Keywords: Mamoeiro - Carica papaya L.
Recursos Genéticos - Melhoramento Vegetal
Marcadores moleculares - Microssatélites - Polimorfismo
Abstract: Identification of polymorphisms in species with low molecular variability, such as papaya (Carica papaya L.) is a challenge for research. The study aimed to identify, characterize and validate the polymorphism of minisatellite markers for the management, conservation and use of papaya’s genetic resources. The genome deposited in database was used to identify minisatellite loci with motifs of 6-500 base pairs (bp). 1730 minisatellites were identified with at least six repetitions (in average 1 out of 156KB), whose average GC content was 28.84% and average of 9.27 repetitions per locus. Motifs with up to 20 bases were the most common (71.5%). Polymorphism of 82 minisatellites was evaluated in 24 papaya accessions and compared with microsatellite markers, whose results demonstrated the presence of 3.10 and 3.57 alleles per locus, respectively. Higher expected heterozygosity (He = 0.52), observed (Ho = 0.16), polymorphic information content (PIC = 0.47) and Shannon-Wiener diversity (H'= 1.10) was observed in the microsatellites comparing with the minisatellite (He = 0.42, Ho = 0.11, PIC = 0.38 and H '= 0.85, respectively), possibly due to the hermaphroditism on most accessions. However, the probability of paternity exclusion and identity was high for both markers. Regarding population structure, both markers indicated the organization of germplasm into two groups (K = 2), although the minisatellites have indicated the presence of a subframe (K = 4). This is one of the first work related to the development of minisatellite for papaya, whose lower polymorphism compared to microsatellite may be offset by its best discriminating power of alleles and greater accuracy in the genotypic identification of individuals.
metadata.dc.subject.en: Papaya tree - Carica papaya L.
Genetic Resources - Plant Breeding
Molecular markers - Microsatellites - Polymorphism
Publisher: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia
metadata.dc.publisher.department: CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais
Issue Date: Feb-2015
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ:CIÊNCIAS AGRÁRIAS
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
metadata.dc.date.available: 2019-11-01T15:07:22Z
URI: http://ri.ufrb.edu.br/jspui/handle/prefix/1047
Appears in Collections:CCAAB - PPG-RGV - Dissertações

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Identificacao_Caracterizacao_Validacao_Dissertacao_2015.pdf1,62 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.