Caboclo - Repositório Institucional UFRB CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas PPGCAG - Programa de Pós-Graduação em Ciências Agrárias CCAAB - PPGCAG - Dissertações
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metadata.dc.type: Dissertação
metadata.dc.degree.level: Mestrado Acadêmico
Título : Detecção molecular de espécies de Yam mosaic virus e Badnavirus que infectam inhame (Dioscorea rotundata) cultivado no recôncavo da Bahia
metadata.dc.creator: Costa, Danilo Pereira
metadata.dc.contributor.advisor1: Silva, Sebastião de Oliveira e
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Meissner Filho, Paulo Ernesto
metadata.dc.contributor.referee1: Oliveira, Saulo Alves Santos de
metadata.dc.contributor.referee2: Barbosa, Cristiane de Jesus
Citación : COSTA, Danilo Pereira. Detecção molecular de espécies de Yam mosaic virus e Badnavirus que infectam inhame (Dioscorea rotundata) cultivado no recôncavo da Bahia. 2014. 74 f. Dissertação (Mestrado Acadêmico em Ciências Agrárias) - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Cruz das Almas, 2014.
metadata.dc.description.resumo: O inhame (Dioscorea spp.) é uma espécie rica em vitaminas A e B, ácido ascórbico e carboidratos. Esta cultura tem grande importância social e econômica para a região Nordeste do Brasil, destacando-se na sua produção os estados da Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Bahia e Maranhão. No Recôncavo Da Bahia os principais produtores são os municípios de Maragojipe, São Felipe, Cruz das Almas e São Félix. As doenças são um dos principais problemas da cultura do inhame, sendo que as viroses ocupam lugar de destaque. Este trabalho teve como objetivo a detecção molecular de espécies de Yam mosaic virus e Badnavirus que infectam inhame (Dioscorea rotundata) cultivado no Recôncavo Da Bahia. Túberas de inhame foram coletadas em plantios conduzidos no Recôncavo Da Bahia. Depois da brotação as túberas foram plantadas em sacos plásticos em casa de vegetação na Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para a detecção de Badnavírus, o DNA total foi extraído seguindo a metodologia de Kamal Sharma (2009) com adaptações na concentração, centrifugação e temperatura de anelamento. Em seguida foi feito a RCA (Rolling Circle Amplification) para aumentar a quantidade de DNA circular do vírus, depois foi realizada a PCR (Polymerase Chain Reaction) usando primers específicos para Badnavirus, obtendo-se uma banda de 579 pares de bases (pb). Para a extração de RNA do vírus do mosaico do inhame (Yam mosaic virus, YMV) e para o vírus do mosaico suave do inhame (Yam mild mosaic virus, YMMV) foram testadas três metodologias: Kit Axygen, Easyzol e Gambino (2008) com modificações e em seguida realizou-se a RT-PCR com primers específicos para esses vírus. Dentre as metodologias testadas, a de Gambino (2008) com adaptações apresentou RNA de melhor qualidade e permitiu na RT-PCR amplificar um fragmento de 586 pb para o YMV. Para o YMMV não houve amplificação nas amostras analisadas. Os fragmentos genômicos obtidos foram sequenciados e comparados com sequências disponíveis em bancos de dados do GenBank e, apresentaram alta identidade com espécies do gênero Badnavirus com similaridade 92% com o isolado DBV_GH03_Dr (AM072664.1) e com o YMV, apresentando 97% de identidade com o isolado Yam mosaic virus capa proteica DrGha4. Desta forma foi comprovada a presença de uma espécie de Badnavirus e do YMV em inhame cultivado no Recôncavo Da Bahia.
Palabras clave : Inhame - Dioscorea rotundata
Inhame - Doenças de planta
Yam mosaic virus - Badnavirus
Detecção molecular
Resumen : Yam (Dioscorea spp.) is a tuberous crop rich in vitamins A, B and C (ascorbic acid) and carbohydrates. It has great social and economic importance to North Eastern region of Brazil, concentrating its production in the states of Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Bahia and Maranhão. In the Recôncavo of Bahia, the municipalities of Maragogipe, São Felipe, Cruz das Almas and São Felix are major producers. Diseases can become a threat to yam production, and the ones caused by viruses are most frequent. This work had the objective of molecular detection of Yam mosaic virus and Badnavirus species that infect yam (Dioscorea rotundata) in Bahia. Yam tubers were collected in cropping areas, left to sprout, planted in plastic bags and grown in green house, at Embrapa Cassava and Fruit Crops. Detection of Badnavirus used total DNA, extracted, adapting the method by Kamal Sharma (2009), based on centrifuging and yellow ringing. Then, Rolling Circle Amplification (RCA) was used to increase the quantity of viral circular DNA, followed by Polymerase Chain Reaction (PCR) using specific primers to Badnavirus. A band of 579 base pairs (bp) was obtained. In the extraction of RNA from yam mosaic virus, (YMV) and yam mild mosaic virus (YMMV) three methodologies were tested: Kit Axygen, Easyzol and Gambino (2008) with modifications. In all cases, RT-PCR with specific primers for these viruses was conducted. Modified Gambino (2008) yielded higher quality RNA, allowing a 586bp amplified fragment for YMV, while for YMMV there was no amplification in the samples. The obtained genomic fragments were sequenced and compared with respective sequences from a GenBank database, showing high identity with species of Badnavirus (92% similarity with isolate DBV_GH03_Dr (AM072664.1) and YMV (97% similarity with protein cap isolate DrGha4).Therefore, the presence of one species of Badnavirus and YMV was found in yam crop of the Recôncavo in Bahia.
metadata.dc.subject.en: Yam - Dioscorea rotundata
Yam - Plant Diseases
Yam mosaic virus - Badnavirus
Molecular detection
Editorial : Universidade Federal do Recôncavo da Bahia
metadata.dc.publisher.department: CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Ciências Agrárias
Fecha de publicación : feb-2014
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ:CIÊNCIAS AGRÁRIAS
metadata.dc.date.available: 2015-10-22
URI : http://ri.ufrb.edu.br/jspui/handle/123456789/887
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