Caboclo - Repositório Institucional UFRB CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas CCAAB - Cursos de Graduação CCAAB - Bacharelado em Biologia - TCC
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metadata.dc.type: Trabalho de Conclusão de Curso
metadata.dc.degree.level: Bacharelado
Title: Desenho de primers ssr (simple sequence repeat) para regiões genômicas do tomateiro (Solanaceae) visando a transferibilidade para Physalis angulata L. (Solanaceae)
metadata.dc.creator: Rocha, Lincon Mathias Andrade
metadata.dc.contributor.advisor1: Machado, Edna Lobo
metadata.dc.contributor.referee1: Santos, Manoela Caldas
metadata.dc.contributor.referee2: Moreira, Ricardo Franco Cunha
metadata.dc.description.resumo: O presente estudo buscou desenvolver marcadores moleculares do tipo SSR (simple sequence repeat) a partir do vasculhamento do genôma do tomateiro (Solanum lycopersicum), espécie pertencente a familia das solanaceae, visando sua possível aplicação na espécie Physalis angulata, espécie bastante conhecida pelos seus benefícios alimentícios, medicinais e comerciais. Com o auxilio de ferramentas de bioinformática de um banco de dados foi possivel desenvolver marcadores microsatelites a partir do genoma sequenciado do Tomateiro, estas sequências estão depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (NCBI), a partir delas foram desenhados primes no aplicativo Websat. Ao todo foram geradas 1000 módulos de marcadores SSRs, aos quais tiveram sua qualidade aferida pelo aplicativo NetPrimer. Dentre esses marcadores, foram selecionados 120 primers classificados como ótimos dentro dos parâmetros utilizados. Dentre as regiões microssatélites analisadas do tomateiro, houve uma predominância de reptições: dinucleotídeos 43,26%, com motivos predominates de AT/TA em 79,91%; trinucleotídeos com 36,77% e hexanucleotídeos com 11,60%. Os primers desenhados apresentaram uma concentração média de CG% de 46,32%, classificados como ótimo na literatura. Esse estudo reforça a importância da utilização de ferramentas de bioinformática no vasculhamento de genomas já sequênciados, enfatizando dentre outras aplicacões o desenvolvimento de marcadores, alem de ser uma alternativa para estudos genéticos de espécies cujo genôma ainda não foi sequenciado, permitindo uma possibilidade de transferibilidade entre espécies relacionadas contribuindo dessa forma para o estudo de variabilidade genética destas.
Keywords: Marcadores microssatélites
Bioinformática
Espécies correlatas
Abstract: The present study aimed to develop SSR (simple sequence repeat) molecular markers from the tomato genome (Solanum lycopersicum), a species belonging to the solanaceae family, aiming at its possible application in Physalis angulata, a species well known for its benefits. food, medicinal and commercial products. With the help of bioinformatics tools from a database it was possible to develop microsatellite markers from the sequenced Tomato genome, these sequences are deposited in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) GenBank, from which they were drawn primes in the Websat application. In all, 1000 SSR marker modules were generated, which had their quality assessed by the NetPrimer application. Among these markers, 120 primers classified as optimal within the parameters used were selected. Among the analyzed microsatellite regions of tomato, there was a predominance of replications: dinucleotides 43.26%, with predominant AT / TA motifs in 79.91%; trinucleotides with 36.77% and hexanucleotides with 11.60%. The primers designed had a mean concentration of CG% of 46.32%, classified as excellent in the literature. This study reinforces the importance of using bioinformatics tools in the search of already sequenced genomes, emphasizing among other applications the development of markers, besides being an alternative for genetic studies of species whose genome has not yet been sequenced, allowing a possibility of transferability between genomes related species thus contributing to the study of their genetic variability.
metadata.dc.subject.en: Microsatellite markers
Bioinformatics
Related species
Publisher: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia
metadata.dc.publisher.department: CCAAB - Centro de Ciências Agrárias, Ambientais e Biológicas
Issue Date: Dec-2019
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
metadata.dc.date.available: 2024-07-12T17:39:50Z
URI: http://ri.ufrb.edu.br/jspui/handle/123456789/3182
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